全书共八十一难，采用问答方式，探讨和论述了中医的一些理论问题，内容包括脉诊、经络、脏腑、阴阳、病因、病机、营卫、腧穴、针刺、病证等方面。其中，一至二十二难论脉，二十三至二十九难论经络，三十至四十七难论脏腑，四十八至六十一难论病，六十二至六十八难论腧穴，六十九至八十一难论针法。书中首创独取寸口及寸关尺及浮中沉三部九候的切脉方法，脉证相参的辨证观，为中医脉学的发展做出了杰出贡献。在藏象学说方面，《难经》突出肾的重要性，建立了“肾（命门）-元气-三焦”为轴心的整体生命观。其创立的命门学说，成为中医理论体系的重要组成部分。在经络学说方面，简明而系统地阐述了任脉、督脉、冲脉、带脉、阳维、阴维、阳跷、阴跷八条奇经的功能特点、循行路线、病变证候及其与十二正经的功能联系等，并总称之为“奇经八脉”。这一名称在现存古籍中是《难经》最先提出的。《难经》关于奇经的论述以及八会穴等理论的提出，充实了经络学说的内容；以五行生克规律为指导的整体防治观，用于说明经脉与腧穴的五行属性和生克关系，解释疾病的发生和传变规律，并用于针刺的补泻；以天人相应的内外统一整体观，论述疾病与季节关系、脉象的四时变化、针刺因时制宜。这些内容对后世医学理论的发展有深远的影响。

《难经》是在《素问》《灵枢》基础上提出八十一个问题进行重点讨论，然后归纳成书。关于《难经》的作者与成书年代历来有不同的看法，一般认为其成书不晚于东汉，内容可能与秦越人（扁鹊）有一定关系。《难经》之“难”字，有“问难”或“疑难”之义。具体说法有：成书于上古，为黄帝所作；成书于战国，出自秦越人之手；成书于西汉，为淳于意所撰；成书于东汉，为东汉名师所做；成书于六朝，为六朝后期著作等。

中医“五邪”理论明确提出于《难经·四十九难》，其中记载“何谓五邪？然：有中风，有伤暑，有饮食劳倦，有伤寒，有中湿，此之谓五邪”。从中可以看出《难经》中关于“五邪”概念的论述与《黄帝内经》中的“五邪”并不相同，《难经》以自然界中最为常见的四种邪气结合生活中最易致病的“饮食劳倦”因素合称为“五邪”。同时，也可以得知《难经》中所论述的“五邪”比《黄帝内经》的“五邪”概念更为复杂且接近临床实践。《难经·四十九难》以心病为例，分别论述了如何判断此时的心病从五邪中的哪一邪而来与临床表现以及其脉象变化，如：“假令心病，何以知中风得之？……何以知伤暑得之？……何以知饮食劳倦得之？……何以知伤寒得之？……何以知中湿得之？”通过其论述便不难发现《难经·四十九难》中所表现出的主题思想：五邪与五脏的本来对应关系，即中风之邪通于肝，伤暑之邪通于心，饮食劳倦之邪通于脾，伤寒之邪通于肺，中湿之邪通于肾。如此实现了“五邪”与“五脏”对应，并借助五脏之间的生克关系，搭建起一个“五邪”侵入人体后的五脏传变体系，最终形成了自然界邪气与人体内在脏腑相结合并按照五行生克传变规律不断进行的中医理论框架，即“五邪相干”理论。

《难经·五难》曰：“脉有轻重，何谓也？然，初持脉，如三菽之重，与皮毛相得者，肺部也；如六菽之重，与血脉相得者，心部也；如九菽之重，与肌肉相得者，脾部也；如十二菽之重，与筋平者，肝部也；按之至骨，举指来疾者，肾部也。故曰轻重也”[3]。提出了运用三菽、六菽、九菽、十二菽、按之至骨5种不同的指力进行切脉的基本指法，以菽豆的多少作为标准以分轻重，从而体察皮毛、血脉、肌肉、筋骨等的脉象变化，以了解心肝脾肺肾五脏气血的内在盛衰变化，后逐渐演变为今天的浮中沉3个不同轻重的力度以及不同脉位以候脉象的方法。