他广泛收集历代医药文献，结合临床经验，以10年时间编著成《六科证治准绳》。这是一部集明以前医学大成的名著，书中对各种疾病的症候和治法叙述“博而不杂，详而又要”，为历来医家所推崇。还辑有《古今医统正脉全书》44种，著有《针灸准绳》、《医学正宗》、《念西笔尘》等，为祖国医药保存了许多有价值的资料。

《伤寒证治准绳》。八卷。刊于1604年。卷首入门辨证诀，鉴别外感、内伤之发热，阐析伤寒及类伤寒一些症候在因、证方面的不同点。卷一介绍伤寒总例；卷二-四列述六经病主要病证的方治；卷五-六为合病、并病及汗下、吐后等病；卷七为劳复、食复、瘥后诸病、四时伤寒、妇人和小儿伤寒等；卷八分析伤寒脉法及伤寒治疗常用药的药性。本书引用各家学说颇多，对《伤寒论》原文作了详尽阐释。临床部分吸取不少后世治疗伤寒的方剂。作者在自序中称是书“为因证检书而求治法者设也”。故具有一定的临床参考价值。