《外科正宗》原刊为四卷，每卷为一门，每门下设症，各症独立成篇，每症先述病因病机，次明诊断预后，再言治法方药，方之下括以四言歌诀、主治证候、修制方法。全书共收录120余种常见外科疾病的病因病机、诊断证候和治法，载方407首，体例完备，条理清晰，图文并茂，切合临证实用。《外科正宗》以传统中医理论为指导，理论与实践相结合，富有创新性和启发性，具有鲜明的学术特点。

《外科正宗》在全面继承明代以前中医外科学理论与临床成就的基础上，系统总结了陈氏长期临床经验和理论认识，对中医外科疾病的病因病机、诊断治疗、治法方药体系加以完善和提高，丰富和充实了中医外科学理论、方法和临床经验，为中医外科学的进一步发展奠定了基础，对后世外科医家的成长具有深远的影响，其外科疾病诊治体系至今仍具有重要的研究和实用价值，是学习中医外科学的必读之书。后世对本书评价甚高，《四库全书总目提要》称其“列证最详，论治最精”。清代医家徐大椿评价本书“此书所载诸方，大段已具。又能细载病名，各附治法，条理清晰。所以凡有学外科问余当读何书，则要令其先学此书，以为入门之地。”

中医外科学术，自宋代陈自明《外科精要》对疮疡作初步整体性、系统性的研究后，发展至明代中期，精通外科的医家及著作增多，如汪机《外科理例》、薛己《外科枢要》等。二人着重于内科修养，以内消法为主的治疗思想，给陈氏以较大影响。陈氏针对当时外科不少依赖家传一技之长，摒弃内治，而“常治法多针刀、砒、硵、线坠等法，使患者受之苦楚，因循都不医治”的流弊，给予大胆纠偏，提出“内外并重”“泄毒外出为第一要”的新思想，结合自己丰富的外科临证经验，著成《外科正宗》一书，成为中医外科史上第一大学派“正宗派”的创始人。