羚羊清肺丸与养阴清肺丸都是清肺止咳之药，但两种药在用药与主治上是截然不同的。
羚羊清肺丸主治：肺胃热盛，感受时邪所引起的身烧头痛、四肢酸懒、咳嗽痰盛、咽喉肿痛、鼻衄咳血、口干舌燥。
养阴清肺主治：阴虚肺热、津液不升引起的咳嗽少痰、久嗽喑哑、口干舌燥、咽喉肿痛。
羚羊清肺丸所治之症为风寒之邪侵入肺，造成肺气闭塞不宣、郁久化热、咳嗽痰盛热邪伤肺、伤津。羚羊清肺丸以解毒、清肺热、止咳化痰、开宣肺气为其主要功效。
羚羊清肺丸以“清”为主，一般情况下多为“实证”，在组方及用药上以清热解毒药为重。
养阴清肺丸以“润”为主，所治之症，为“肺阴虚”及“津伤”，此症多为慢性疾病，为“虚症”。肺阴虚形成的原因很多，多由“实证”或“急症”的治疗不彻底转变而来。肺阴虚所表现的症状为“虚热”或“潮热”。肺阴虚之症，不是几日能除之病，须坚持用药2-3周或更长时间。
羚羊清肺丸与养阴清肺丸使用的要点是：前者以“实证”为主；后者以“虚症”为主。