卷上列全论大法、六经正义、合并启微、风寒辨惑、温暑指归、痉湿异同、平脉准绳等七篇；卷下列太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴病解及制方大法等七篇。认为仲景之六经为百病立法，不独为伤寒一科。强调六经分证皆兼伤寒杂病，伤寒之中最多杂病，内外夹杂，虚实互呈，对临证治疗颇多启发。又认为仲景之六经是“经界之经，而非经络之经”。提出六经为六区地面之说，以六经喻同列国，“腰以上为三阳地面”，“腰以下为三阴地面”，再细分，如“内由心胸，外自巅顶，前至额颅，后至肩背，下及于足，内合膀胱，是太阳地面”，其余五经均作分区描述。柯氏将六经认作全身的六个分部，分别把有关的脏腑、肌表、经络、组织、苗窍有机地联系在一起，而不局限于经络。并明确指出“经络之经，是六经道路，非六经地面”。至于侵犯六经之邪，认为有正邪、客邪之别，客邪多从三阳由外而入，正邪多由三阴自内以生。若明六经地形，则能握疾病之枢机，操治病之规则。六经地区之说对六经实质的研究颇有意义。柯氏对仲景脉法，亦有独到见解，认为仲景立法只有脉之体用上推求，不在脉之名目上分疏，如以阴阳为体，则浮、大、动、滑、数为阳之用，沉、涩、弱、弦、迟为阴之用，对掌握仲景脉法有参考价值。还纲领性地叙述六经分证的辨证论治，主张掌握仲景活方活法，不拘病之命名，推求证之切当。针对表里、寒热、虚实诸证，认为仲景处方参考“七方”“十剂”之制，随证而设。指出仲景立方精而不杂，总以六方为主，其他诸方从而加减，其归纳甚为精要。